pytorch_wavelets
pytorch_wavelets 是一个专为 PyTorch 框架设计的开源库,旨在高效实现二维离散小波变换(DWT)和双树复小波变换(DTCWT),并支持基于 DTCWT 的散射网络(ScatterNet)。它主要解决了传统小波变换工具难以直接融入深度学习流水线、无法利用 GPU 加速以及不支持自动求导的痛点,让研究人员能够轻松将多尺度频域分析嵌入神经网络中。
该工具特别适合从事计算机视觉、信号处理及深度学习算法研究的开发者与科研人员。其核心亮点在于完全兼容 PyTorch 的"NCHW"数据格式,支持批量多通道图像处理的反向传播,并能直接在 CUDA 上运行,显著提升计算效率。值得一提的是,其内置的散射网络层在保持精度的同时,速度比同类方案快约十倍。此外,最新版本还扩展了对一维信号的支持,并提供了多种填充模式,使其在处理各类时序数据和图像任务时更加灵活便捷。
使用场景
某医疗影像实验室正在开发基于深度学习的早期肺结节检测系统,需要在模型中集成多尺度纹理特征提取模块以提升微小病灶的识别率。
没有 pytorch_wavelets 时
- 训练流程割裂:传统小波变换依赖 CPU 端的 NumPy 或 PyWavelets 库,无法在 GPU 上直接运算,导致数据必须在 CPU 与 GPU 间频繁拷贝,严重拖慢训练速度。
- 无法端到端优化:由于外部小波计算不支持自动求导,特征提取部分无法参与反向传播,模型只能固定预提取的特征,限制了整体性能的上限。
- 批处理效率低下:现有方案难以高效处理 NCHW 格式的批量医学图像,开发者需编写复杂的循环代码逐张处理,显存利用率低且代码维护困难。
- 复数小波实现复杂:若需使用对偶树复小波(DTCWT)获取平移不变性,手动实现或其原有 Python 版本速度极慢,难以满足实时性要求。
使用 pytorch_wavelets 后
- 全链路 GPU 加速:pytorch_wavelets 原生支持 CUDA,将 2D 离散小波及 DTCWT 完全融入计算图,消除了数据搬运开销,训练吞吐量提升约 10 倍。
- 支持梯度回传:工具内置的可微分算子允许梯度直接穿过小波层,使网络能自适应学习最优的小波分解策略,显著提升了结节检测的敏感度。
- 原生批量处理:完美适配 PyTorch 的 NCHW 数据格式,一行代码即可对整批 CT 切片进行多层级分解,大幅简化了数据预处理流水线。
- 高效散射网络:利用其提供的 DTCWT 散射网络层(ScatterNet),在保持平移不变性的同时,以远高于传统 Kymatio 库的速度完成高阶特征提取。
pytorch_wavelets 通过将经典信号处理算法无缝融入深度学习框架,实现了从“离线特征工程”到“在线可微分特征学习”的范式转变。
运行环境要求
- 未说明
- 非必需
- 支持 NVIDIA GPU (CUDA),README 测试环境使用 GTX1080
- 需安装支持 CUDA 的 PyTorch 版本以启用 GPU 加速
未说明 (提及已优化内存效率,修复了内存问题)

快速开始
PyTorch 中的 2D 小波变换
|build-status| |docs| |doi|
.. |build-status| image:: https://travis-ci.org/fbcotter/pytorch_wavelets.png?branch=master :alt: 构建状态 :scale: 100% :target: https://travis-ci.org/fbcotter/pytorch_wavelets
.. |docs| image:: https://readthedocs.org/projects/pytorch-wavelets/badge/?version=latest :target: https://pytorch-wavelets.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest :alt: 文档状态
.. |doi| image:: https://zenodo.org/badge/146817005.svg :target: https://zenodo.org/badge/latestdoi/146817005
完整的文档也可以在 这里__ 查看。
__ http://pytorch-wavelets.readthedocs.io/
这个包提供了计算二维离散小波变换和二维双树复小波变换及其逆变换的支持,并且可以在 PyTorch 中对这两种变换进行梯度传递。
该实现设计用于处理多通道图像的批量数据。我们使用 PyTorch 标准的 'NCHW' 数据格式。
此外,我们还添加了基于 2D DTCWT 的散射网络层。这与 KymatIO__ 中基于 Morlet 的散射网络类似,但速度大约快 10 倍。
如果您使用此仓库,请引用我的博士论文第 3 章:https://doi.org/10.17863/CAM.53748。
__ https://github.com/kymatio/kymatio
版本 1.3.0 新增内容
- 添加了 1D DWT 支持
.. code:: python
import torch
from pytorch_wavelets import DWT1DForward, DWT1DInverse # 或者直接使用 DWT1D, IDWT1D
dwt = DWT1DForward(wave='db6', J=3)
X = torch.randn(10, 5, 100)
yl, yh = dwt(X)
print(yl.shape)
>>> torch.Size([10, 5, 22])
print(yh[0].shape)
>>> torch.Size([10, 5, 55])
print(yh[1].shape)
>>> torch.Size([10, 5, 33])
print(yh[2].shape)
>>> torch.Size([10, 5, 22])
idwt = DWT1DInverse(wave='db6')
x = idwt((yl, yh))
版本 1.2.0 新增内容
- 添加了一个基于 DTCWT 的散射网络
.. code:: python
import torch
from pytorch_wavelets import ScatLayer
scat = ScatLayer()
X = torch.randn(10,5,64,64)
# 一阶散射网络有 6 种方向和一个低通通道
# 输出通道数是输入通道数的 7 倍
Z = scat(X)
print(Z.shape)
>>> torch.Size([10, 35, 32, 32])
# 二阶散射网络同样有 6 种方向和一个低通通道
# 输出通道数是输入通道数的 7^2 倍
scat2 = torch.nn.Sequential(ScatLayer(), ScatLayer())
Z = scat2(X)
print(Z.shape)
>>> torch.Size([10, 245, 16, 16])
# 我们还有一个稍微更专业但速度较慢的二阶散射网络
from pytorch_wavelets import ScatLayerj2
scat2a = ScatLayerj2()
Z = scat2a(X)
print(Z.shape)
>>> torch.Size([10, 245, 16, 16])
# 当然,这些都可以在 CUDA 上运行
scat2a.cuda()
Z = scat2a(X.cuda())
版本 1.1.0 新增内容
- 修复了 DWT 的内存问题
- 修复了 DTCWT 计算的后端代码——现在更加简洁,但性能相似
- DTCWT 和 DWT 现在都更加节省内存或对内存更敏感。
- 移除了指定 DTCWTInverse 的尺度数量的需求。
版本 1.0.0 新增内容
版本 1.0.0 现在增加了对可分离 DWT 计算的支持,以及更多的填充方式,如对称、零填充和周期化。
此外,在创建小波变换类时不再需要指定通道数。
速度测试
我们将使用 Python 包进行 DTCWT 计算和使用 PyWavelets 进行 DWT 计算的速度,与在 pytorch_wavelets 中同时进行这两项计算的速度进行了比较,使用的硬件是 GTX1080。NumPy 方法是在一台拥有 14 核 Xeon Phi 处理器的机器上,通过 Intel 的并行 Python 库运行的。对于 DTCWT,我们在第一尺度使用 `near_sym_a` 滤波器,在后续尺度使用 `qshift_a` 滤波器。对于 DWT,我们使用 `db4` 滤波器。
对于固定输入大小,但改变尺度数量(从 1 到 4),我们得到了以下速度(平均 5 次运行的结果):
.. raw:: html
<img src="https://oss.gittoolsai.com/images/fbcotter_pytorch_wavelets_readme_dec026c47f2b.png" width="700px">
对于高度和宽度均为 512 的输入,我们还改变了 3 尺度变换的批次大小。得到的速度如下:
.. raw:: html
<img src="https://oss.gittoolsai.com/images/fbcotter_pytorch_wavelets_readme_639d00ee6e47.png" width="700px">
安装
````````````
安装 ``pytorch_wavelets`` 最简单的方式是克隆仓库并使用 pip 安装。未来的版本将会发布到 PyPI,但在此之前需要先更新文档::
$ git clone https://github.com/fbcotter/pytorch_wavelets
$ cd pytorch_wavelets
$ pip install .
(不过,如果您打算对该库进行重大修改,使用 `develop` 命令可能会更有用。)我们提供了一个测试套件,以便您验证代码是否能在您的系统上正常工作::
$ pip install -r tests/requirements.txt
$ pytest tests/
示例用法
```````````
对于 DWT——请注意,高通输出有一个额外的维度,其中我们堆叠了 (lh, hl, hh) 系数。另外请注意,Yh 输出中,最精细的细节系数排在前面,而最粗糙的排在最后(与 PyWavelets 相反)。
.. code:: python
import torch
from pytorch_wavelets import DWTForward, DWTInverse
xfm = DWTForward(J=3, wave='db3', mode='zero')
X = torch.randn(10,5,64,64)
Yl, Yh = xfm(X)
print(Yl.shape)
>>> torch.Size([10, 5, 12, 12])
print(Yh[0].shape)
>>> torch.Size([10, 5, 3, 34, 34])
print(Yh[1].shape)
>>> torch.Size([10, 5, 3, 19, 19])
print(Yh[2].shape)
>>> torch.Size([10, 5, 3, 12, 12])
ifm = DWTInverse(wave='db3', mode='zero')
Y = ifm((Yl, Yh))
对于 DTCWT:
.. code:: python
import torch
from pytorch_wavelets import DTCWTForward, DTCWTInverse
xfm = DTCWTForward(J=3, biort='near_sym_b', qshift='qshift_b')
X = torch.randn(10,5,64,64)
Yl, Yh = xfm(X)
print(Yl.shape)
>>> torch.Size([10, 5, 16, 16])
print(Yh[0].shape)
>>> torch.Size([10, 5, 6, 32, 32, 2])
print(Yh[1].shape)
>>> torch.Size([10, 5, 6, 16, 16, 2])
print(Yh[2].shape)
>>> torch.Size([10, 5, 6, 8, 8, 2])
ifm = DTCWTInverse(biort='near_sym_b', qshift='qshift_b')
Y = ifm((Yl, Yh))
一些初步说明:
- 返回的 Yh 是一个元组。有两个额外的维度——第一个位于输入的通道维度和行维度之间,这是 DTCWT 的 6 个方向;第二个是最后一个维度,表示复数的实部和虚部(PyTorch 不原生支持复数)。
在 GPU 上运行
这对 PyTorch 用户来说并不意外。DWT 和 DTCWT 变换都支持 CUDA 调用:
.. code:: python
import torch
from pytorch_wavelets import DTCWTForward, DTCWTInverse
xfm = DTCWTForward(J=3, biort='near_sym_b', qshift='qshift_b').cuda()
X = torch.randn(10,5,64,64).cuda()
Yl, Yh = xfm(X)
ifm = DTCWTInverse(biort='near_sym_b', qshift='qshift_b').cuda()
Y = ifm((Yl, Yh))
自动化测试无法测试 GPU 功能,但会检查 CPU 的运行情况。
要测试该仓库是否能在你的 GPU 上正常工作,你可以先下载该仓库,
确保已安装支持 CUDA 的 PyTorch(测试会检查 :code:torch.cuda.is_available() 是否返回 True),
然后执行以下命令:
.. code::
pip install -r tests/requirements.txt
pytest tests/
从仓库的根目录下运行。
反向传播
可以在前向和后向变换中传递梯度。你只需确保每个变换的输入都设置了
:code:`requires_grad` 属性为 True 即可。
出处
~~~~~~~~~~
本项目基于剑桥大学 Nick Kingsbury 开发的 MATLAB 双树复小波变换工具包。
原始的 README 文件位于 ORIGINAL_README.txt 中,其中详细说明了该 MATLAB 工具箱的使用条款。
有关双树复小波变换的更多信息,可从我的网站上下载相关论文(见下方链接)。
其中,1999 年发表于英国皇家学会的论文是最佳教程,尤其解释了如何在“实数”四分量子图像与复数子图像对之间进行转换。
Q 移位滤波器的相关内容则在 2000 年 ICIP 会议论文以及 2001 年 5 月发表于《应用与计算调和分析》期刊的论文中有更详细的阐述。
本代码受版权保护,仅免费提供用于科研目的。作为交换,我唯一的要求是:如果你使用了这些算法,请在撰写论文时适当引用本工作,并在我发现双树复小波变换有良好应用时通知我。如果这些应用确实有价值,我非常愿意开展合作。对于因使用这些算法而产生的任何后果,我概不负责。
Nick Kingsbury,
剑桥大学,2003年6月。
Dr N G Kingsbury,
剑桥大学工程系,
Trumpington St., Cambridge CB2 1PZ, UK,或
剑桥大学三一学院,CB2 1TQ, UK。
电话:(0 或 +44) 1223 338514 / 332647;家庭:1954 211152;
传真:1223 338564 / 332662;电子邮件:ngk@eng.cam.ac.uk
个人主页:http://www.eng.cam.ac.uk/~ngk/
.. vim:sw=4:sts=4:et
版本历史
1.1.02019/10/03常见问题
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