safari
safari 是一个专注于序列建模的开源深度学习库,由斯坦福 HazyResearch 团队维护。它核心解决了传统 Transformer 架构在处理超长序列时计算成本高、显存占用大的痛点,通过创新的卷积技术实现了更高效的语言与序列数据处理。
该工具集成了多项前沿研究成果,包括 Hyena 层级结构、长卷积(Long Convs)以及著名的 H3(Hungry Hungry Hippos)模型。其独特技术亮点在于利用硬件友好的长卷积算子替代部分注意力机制,在保持甚至超越 Transformer 性能的同时,显著提升了推理速度并降低了资源消耗,特别适合需要处理长上下文的任务。
safari 主要面向 AI 研究人员、算法工程师及大模型开发者。如果你正在探索下一代高效语言模型架构,或需要在有限算力下训练长序列模型,safari 提供了经过验证的代码实现、预训练权重及详细的实验指南,能帮助你快速复现论文结果并开展自己的研究。作为 S4 等早期工作的演进版本,它以清晰的代码结构和丰富的文档,成为了连接理论创新与实际应用的重要桥梁。
使用场景
某生物科技公司研发团队正利用深度学习模型分析长达数万碱基对的 DNA 序列,以预测基因突变对蛋白质功能的影响。
没有 safari 时
- 传统 Transformer 架构在处理超长基因序列时,显存占用随序列长度呈平方级增长,导致单卡无法加载完整数据。
- 为了适配显存限制,不得不将长序列强行截断或分块处理,严重破坏了基因片段间的长距离依赖关系,降低预测准确率。
- 推理速度缓慢,处理一条完整染色体序列需要数分钟,无法满足大规模基因组筛选的实时性需求。
- 尝试引入早期的状态空间模型(如 S4)时,代码复现复杂且缺乏针对特定硬件的高效卷积算子支持。
使用 safari 后
- 借助 Hyena 和 Long Convs 算法,模型显存占用降至线性级别,轻松在单张 GPU 上处理百万级长度的完整 DNA 序列。
- 无需截断即可捕捉全序列范围内的远程调控信号,基因功能预测的准确性显著提升,发现了此前被忽略的关键突变位点。
- 利用高度优化的卷积内核,推理速度提升数倍,将单条序列分析时间从分钟级压缩至秒级,大幅加速研发流程。
- 直接调用仓库中预训练的 H3 和 Hyena 模型,配合简洁的 API 快速完成迁移学习,无需从零编写复杂的底层卷积逻辑。
safari 通过高效的长序列卷积技术,打破了生物信息学中超长数据处理的算力瓶颈,让高精度基因组分析变得触手可及。
运行环境要求
- 未说明
需要支持 CUDA 的 NVIDIA GPU(因依赖 PyTorch 及 FlashAttention),具体型号和显存大小取决于运行的模型规模(如 H3 最大达 2.7B,Hyena 为 150M),未明确最低要求
未说明

快速开始
用于序列建模的卷积
本仓库提供了以下论文的实现与实验,同时也对早期工作(如 S4)进行了简化呈现。
请参阅以下说明,了解如何下载权重并运行我们的预训练模型:
Hyena
Hyena 层次结构:迈向更大的卷积语言模型
Michael Poli*, Stefano Massaroli*, Eric Nguyen*, Daniel Y. Fu, Tri Dao, Stephen Baccus, Yoshua Bengio, Stefano Ermon, Christopher Ré
ICML 2023。口头报告。
论文
Long Convs
用于序列建模的简单且硬件高效的长卷积
Daniel Y. Fu*, Elliot L. Epstein*, Eric Nguyen, Armin W. Thomas, Michael Zhang, Tri Dao, Atri Rudra, Christopher Ré
ICML 2023。
论文
Hungry Hungry Hippos (H3)
Hungry Hungry Hippos:迈向基于状态空间模型的语言建模
Daniel Y. Fu*, Tri Dao*, Khaled K. Saab, Armin W. Thomas, Atri Rudra, Christopher Ré
ICLR 2023。引人注目的前25%(亮点展示)。
论文
路线图
将 H3、LLM 训练和合成数据纳入本仓库迁移快速卷积代码添加 Hyena 的实现与实验- pip 包
更改日志
请参阅 CHANGELOG.md
设置
需求
本仓库需要 Python 3.8 及以上版本,以及 PyTorch 1.10 及以上版本。 其他依赖包列于 requirements.txt 中。
快速上手
最简单的入门方式是运行 standalone_cifar.py 脚本。
该脚本会在 CIFAR-10 数据集上训练一个简单的长卷积模型:
python -m standalone_cifar
更多内容请参阅 experiments.md 页面:
- 来自 Long Convs 论文的 LRA 实验
- H3 实验(语言模型、合成数据)
- H3 + 长卷积实验
- Hyena 的语言与视觉实验
资源
我们乐于分享关于本仓库中方法的独立复现及解读文章。
Hyena:
引用
如果您使用了本代码库,或以其他方式认为我们的工作有价值,您可以按如下方式引用我们:
@article{poli2023hyena,
title={Hyena 层次结构:迈向更大的卷积语言模型},
author={Poli, Michael 和 Massaroli, Stefano 以及 Nguyen, Eric 等},
journal={arXiv 预印本 arXiv:2302.10866},
year={2023}
}
@article{fu2023simple,
title={用于序列建模的简单且硬件高效的长卷积},
author={Fu, Daniel Y. 等},
journal={国际机器学习会议},
year={2023}
}
@inproceedings{fu2023hungry,
title={Hungry Hungry Hippos:迈向基于状态空间模型的语言建模},
author={Fu, Daniel Y. 等},
booktitle={国际表征学习会议},
year={2023}
}
致谢
本仓库基于 Albert Gu 的 state spaces 仓库分叉而来,并沿用了其结构。 此外,它还包含了来自 FlashAttention 训练脚本的代码。
常见问题
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